Hiện tại trường có 8 phòng chức năng, 7 khoa chuyên ngành, 1 trung tâm.

Các phòng chức năng

• Phòng Đào tạo Đại học
• Phòng Công tác Sinh viên và Quản lý sinh viên
• Phòng Tổ chức cán bộ
• Phòng Tài chính-Kế toán
• Phòng Hợp tác Quốc tế
• Phòng Khảo thí và Đảm bảo Chất lượng Giáo dục
• Phòng Quản lý trang thiết bị
• Phòng Hành chính tổng hợp
• Tổ Công nghệ thông tin

Các khoa đào tạo

• Khoa Y
• Khoa Dược
• Khoa Điều dưỡng
• Khoa Xét nghiệm
• Khoa Y tế công cộng
• Khoa Răng Hàm Mặt
• Khoa Khoa học cơ bản

Các Bộ môn

• Bộ môn Gây mê Hồi sức
• Bộ môn Phục hồi chức năng và vật lý trị liệu
• Bộ môn Hình ảnh Y học

Các trung tâm

• Trung tâm Thực hành Chẩn đoán Y khoa (Phòng khám). Hiện nay trường đang tập trung đầu tư để sớm nâng cấp trung tâm thành Bệnh viện Đại học Kỹ thuật Y Dược Đà Nẵng là bệnh viện thực hành trực thuộc trường trong tương lai.